世界观/二周目

由于官方并未给出具体的时间线，以下内容为剧情组成员依据剧情推测梳理而成。其中或许存在时间线冲突、矛盾的部分，还请各位指挥官谅解

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在经历无数困难后，指挥官将时间倒回了湮灭残昼发生之后、烬海异途发生之前。

2191年

梦赴光寥之乡

相关剧情：34 梦赴光寥之乡

        因为指挥官裁剪了时间，在红潮中重塑身体、尚且虚弱的赛琳娜在游历世界的途中恢复了过往的记忆，并被山雀小队的利亚带回了保育区，与空中花园取得联系后由指挥官接回了空花，并更新升级了希声机体。
        然而，来自未来某个世界线的卢娅穿越时间来到了现在，企图通过杀死身为锚点的指挥官来让异聚塔重新降临、终止自己世界中的灾难。赛琳娜因意外获得伊什梅尔的部分能力，能够接收历史的杂音。因此，为了保护指挥官，赛琳娜选择将时间切片、把卢娅困在某个循环的时间片段中，从而无法干扰主时间线的历史。这一做法使赛琳娜在主时间线上存在的痕迹被抹去，卢娅干扰的阿贝尔项目也因此过程遗失、只有结果。
        指挥官虽然忘记了赛琳娜，但在观赏歌剧的过程中感到了些许违和之处，书柜中也有无数来自艺术协会的空白信纸。艾拉同样感到违和，二人通过追查发现了保存在地表保育区的幻奏机体，在布偶熊的帮助下拦截了伊什梅尔的销毁指令，前往查看情况。
        卢娅凭借幻奏与赛琳娜的联系来到了主时间线，并正好遇见前来调查的指挥官与赛琳娜。交手后，指挥官随卢娅一起来到了被赛琳娜切割出的那个时间切片，见到了以伊利斯为假名的赛琳娜，并因与卢娅为敌达成合作关系。
        赛琳娜并不希望指挥官与这件事产生牵连，于是计划在击败卢娅后借助她的力量将指挥官送回主时间线。回到主时间线后，指挥官意识到伊利斯与幻奏机体是同一个人，逐渐回忆起过去的点滴，并在伊什梅尔和科学理事会的帮助下重新回到了时间切片中，将赛琳娜带回。
        最后时间紧接烬海异途：派出的三支救援队伍尽数在科波菲尔海洋博物馆消失，军部大概率会调遣灰鸦小队前往科波菲尔海洋博物馆。指挥官看见了已发生的未来的部分片段。