新·世界线

由于官方并未给出具体的时间线，以下内容为剧情组成员依据剧情推测梳理而成。其中或许存在时间线冲突、矛盾的部分，还请各位指挥官谅解。

在此感谢AnionProx大佬对本界面的付出！！！

反击时代（二周目）

2191年

梦赴光寥之乡

        因为指挥官裁剪了时间，在红潮中重塑身体、尚且虚弱的赛琳娜在游历世界的途中恢复了过往的记忆，并被山雀小队的利亚带回了保育区，与空中花园取得联系后由指挥官接回了空花，并更新升级了希声机体。
        然而，来自未来某个世界线的卢娅穿越时间来到了现在，企图通过杀死身为锚点的指挥官来让异聚塔重新降临、终止自己世界中的灾难。赛琳娜因意外获得伊什梅尔的部分能力，能够接收历史的杂音。因此，为了保护指挥官，赛琳娜选择将时间切片、把卢娅困在某个循环的时间片段中，从而无法干扰主时间线的历史。这一做法使赛琳娜在主时间线上存在的痕迹被抹去，卢娅干扰的阿贝尔项目也因此过程遗失、只有结果。
        指挥官虽然忘记了赛琳娜，但在观赏歌剧的过程中感到了些许违和之处，书柜中也有无数来自艺术协会的空白信纸。艾拉同样感到违和，二人通过追查发现了保存在地表保育区的幻奏机体，在布偶熊的帮助下拦截了伊什梅尔的销毁指令，前往查看情况。
        卢娅凭借幻奏与赛琳娜的联系来到了主时间线，并正好遇见前来调查的指挥官与赛琳娜。交手后，指挥官随卢娅一起来到了被赛琳娜切割出的那个时间切片，见到了以伊利斯为假名的赛琳娜，并因与卢娅为敌达成合作关系。

赛琳娜并不希望指挥官与这件事产生牵连，于是计划在击败卢娅后借助她的力量将指挥官送回主时间线。回到主时间线后，指挥官意识到伊利斯与幻奏机体是同一个人，逐渐回忆起过去的点滴，并在伊什梅尔和科学理事会的帮助下重新回到了时间切片中，将赛琳娜带回。

溯梦归途

相关剧情：35 覆海离声、36 溯梦归途

        时间紧接原时间线的烬海异途：派出的三支救援队伍尽数在科波菲尔海洋博物馆消失，军部大概率会调遣灰鸦小队前往科波菲尔海洋博物馆。指挥官看见了已发生的未来的部分片段。
        在二周目中，烬海异途更名为覆海离声。冯·内古特发现自己与“塔”失去联系改变计划，提前唤醒惑砂启动红潮培育计划，试图使“塔”提前降临。为此将赤音神启的信徒诱骗至科波菲尔海洋馆作为实验祭品。空中花园发觉后派出以清理部队为首的三只小队执行营救与调查任务，但部队陷入红潮与升格者的重围，损失惨重。与此同时，灰鸦小队奉命前往调查，指挥官凭借对一周目的记忆既视感，促使任务升级，里、三头犬与突击鹰小队相继加入支援。在多方协作下，幸存者得以撤离。比安卡也在更换新机体后重返战场。最终，千子以牺牲自我为代价，吸收了大部分红潮，破坏了冯的计划。后续的异合生物登陆战中也因Ω武器的批量使用威胁显著下降。
        凡妮莎汇报在“黑野孤儿院”中回收的样本，能够改进特化逆元装置，使“代谢”帕弥什病毒成为可能。超刻机体因此研发出来，里成为这次特化机体的实验者，因为超刻机体的特殊性，他看到了那座猩红的塔，也遇到了不同世界线的“自己”，与一周目不同的是因为异聚塔并未降临，里失去了升维的权限。
        得益于安全区的扩大，艺术协会成立了考古战斗小队“虹莺”，前往探索时发现了黄金时代的未完成之城“康斯塔雷耶”。
        在探索过程中，莱娜与黑野的活体铠甲产生共鸣，随后“叛变”与盔甲一同失踪。虹莺小队因此解散，与一周目不同的是赛琳娜已经回归。而冯·内古特并并未在这座城市发现塔消失的原因
        银白色的少女仍被囚禁在赤红晶簇中，但她并非只能等待被献祭的羔羊。“试炼并未如期出现”，但升格网络却开启了新的筛选，她在寻找着新的可能。
        远方的凛冬堡中α挣脱了升格网络的桎梏，而露娜也因此攫取到另外的权能她要抢在红潮孕育出“智慧”生命前，夺下来自帕弥什的“馈赠”
        凛冬堡事件后露西亚遭到了黑野24小时不间断的囚禁，哈桑为了防止黑野将手伸到指挥官之前将灰鸦派往保育区执行任务。
        在落地后收到了薇拉与21号在重灾区失踪的消息。凭借指挥官的远程链接帮助最终脱险，超刻在探索重灾区后得到了异合生物进化出群体性行为。与一周目不同的是，薇拉此时的机体并非瑰丽，而是灼惘。柯蕾多尔的剧本改变
        4月1日，愚人节。命运仿佛开了一个巨大的玩笑，灰鸦的指挥官…失踪了。
        为了保证闭环，卡俄斯将意识投影至海底的复制体中。另一边惑砂带来了乌托邦计划因亚里莎而宣告失败的消息，意识融合的唯一成功试验品也落到空中花园手中。（冯可能想用乌托邦的实验改善一下同为意识混合体的自己）
        不过这些和即将孵化的卵相比都并不重要。在寂静中冯开始了他的思考：“塔”究竟去了哪里，为何还未降临。冯派出莉莉丝将海底密室中的卵带回，这次的钥匙将是最“完美”的，至此摇篮计划也宣告失败。齿轮轰然闭合
        与一周目不同的是，拉弥亚带来的并不是卵，而是修特罗尔的遗言。
        4月16日，失踪的指挥官终于逃离出来，在经历了一场和遗忘者相关的风波后，灰鸦终于找回来他们的指挥官，而失踪的这段时间的空白记忆也因拉弥亚带回的包裹得到了额外的解释。
        万世铭内华胥受到了入侵，万世铭外的九龙也遭受着异合生物的进攻。九龙危在旦夕，空花派出多只部队援助九龙，但如同华胥推演的那般，曲被刺杀，进入万世铭。
        曲的意识上传到了万世铭内继续与初生的舒尔茨作战，在万世铭内所有数据的帮助下，曲身上的帕弥什病毒消散了，原来帕弥什也是一种数据。在获得了众人的心愿下，胜利是必然的，初生的舒尔茨被击败，但因为本体是数一串代码的缘故无法被击杀。大战之后曲将多米尼克的“邀请函”交给了指挥官。
        远处观战的柯蕾多尔此时也发觉了异常，自己为何会同意舒尔茨的蛊惑？异合生物的进化暂时停滞了。
        空中花园中布偶熊被议会要求寻找格式塔数据墙的漏洞，可惜的是真的找到了，打开的时间被定在两日后。
        无意参加庆功宴的首席与阿西莫夫和布偶熊一起解开了邀请函的秘密，与格式塔内的“多米尼克”产生了交流。根据提供的线索指挥官终于解开了“塔”的秘辛。
        两日后的试验场中，随着数据墙的关闭，无知的人们为他们的鲁莽付出了代价。封印其内的原初帕弥什病毒黑星逃离了多米尼克给他搭建的囚笼
        地面上冯带着已经孵化的卵继续寻找着异聚塔，在整理了情报后发现世界的变动越来越大，这对他可算不上是好消息。一番思索过后仍然无法得知答案，在听到黑星落到重灾区的消息后，冯让惑砂带上见面礼，代他投靠露娜，这将会是他们最后一次见面。
        另一边，罗兰找到了指挥官提出了合作，黑星逃脱时升格网络也发生了变化，囚禁露娜的囚笼带着她的大部分力量消散了，为了对抗与黑星结合后试图她取而代之的升格网络傀儡塞勒涅
        露娜利用吸收红潮得到的新力量，配合指挥官的意识锚定协助，成功击败塞勒涅夺回了完整的代行者权能。
        露西亚更换“誓焰”机体。在适配期间遇到了与超刻相同的问题，看到了那座直冲云霄的猩红高塔。
一号零点能附近，冯内古特中的两个主意识在推测着塔和未来，继续着他的计划，他仍在试图另塔重现
        误入重灾区的小队发现一号零点能周围的电源被重启，空花派出灰鸦小队前往调查。在进入重灾区后誓焰开始出现幻觉，她看到了塔中不断轮回的自己，迷失在白雾中的自己与…失去指挥官的自己
        回到现实的少女仍担心着噩梦是否会成真，因此她说谎了，而指挥官也敏锐的察觉到了这一点。
        在象征文明的图书馆中，灰鸦小队与冯相遇了，在“礼貌”互相打招呼后战斗开始了。过程中冯试图用誓焰塔内轮回的记忆击垮露西亚，可惜指挥官就在旁边，于是他败了。
        虚弱的冯试图利用倒塌的房屋脱身，他步履蹒跚的向着一号反应堆走去，试图做着最后的挣扎。

他死了，这就是露西亚所见。之后金光浮现，卡俄斯将记忆还给了他们，最后他们踏上晨光，返回了他们的“家”。