由于官方并未给出具体的时间线，以下内容为剧情组成员依据剧情推测梳理而成。其中或许存在时间线冲突、矛盾的部分，还请各位指挥官谅解

反击时代：开始于执行部队重新登录地球作战，约2180年~现今主线2194年。（此前旧推测为2167-2183年）

大撤退后与反击时代早期（约为2162~2180年）

相关剧情：进入序章

 哈桑作为“人类阵线领袖”进行演讲。

苏菲亚·银牙间章

相关剧情：准星所向

被称为“鬣狗”的苏菲亚用实力赢得了奥赛兰姆检修部队队长安德烈的赏识，加入到列车检修部队并得到名为“苏菲亚”的名字，摆脱了在平民车厢苟且偷生的生活。在一次外部作业中，所属皇家派的检修部队遭到贵族欧石兰派的陷害牺牲，只剩濒死的苏菲亚一人，欧石兰借机改造苏菲亚为构造体并欺骗蛊惑苏菲亚刺杀第四代王女贾米拉，后来在贾米拉的坦诚相待和她密探安德烈的皇家勋章遗物的证据下，苏菲亚明白了真相，倒戈成为皇家护卫。

罗塞塔成为守林人

相关剧情：无垢的祈祷

 罗塞塔的爷爷普夫为换取罗塞塔像正常孩子一样在港口生活的权利而自愿申请捕杀机械角鲸德雷克，后因为路途上感染帕弥什病毒不幸离世，罗塞塔昏死被航线联合改造成为守林人。后成长为新一任的守林人领袖。

库洛姆·弧光间章

相关剧情：无瑕者

空中花园政务官约翰·史密斯的养子兰斯顿·史密斯一直循着史密斯家族的严格家训努力成为一个“完美”的人，学习刻苦的他以理论成绩第一的首席指挥官身份从法奥斯军事指挥学校毕业。在预备指挥官选拔前的意识链接训练中，由于家训对他的高标准和他对自己的严要求导致了过度链接留下了意识疤痕，深知自己不适合成为指挥官的兰斯顿在养父约翰的授意下自愿接受改造成为了构造体，化名库洛姆，去争取另一个领域的“第一”。在与神威等战友的共同生活中库洛姆逐渐开始追寻自己的意志而非如同原来般一直听取家族的授意，他也将用自己的意志继续走在成为“史密斯”完美之人的道路上。

万事相关

相关剧情：暮往长离

约2172年，万事与同期生完成了在基础教育中心的学习，通过了职业考试、完成了钽-193共聚物适应性测试，在提交志愿后等待最终的去向分配。与众人预料的不同，想要去往地表寻找母亲的万事被分配进入医学院，想要进入医学院的佩洛被分配去往地面。众人对此感到不满，并因此险些被人利用，最终通过在格式塔展馆中引燃炸药（实际上是烟花）的方式表达了反抗。然而这些举动并没有起到什么作用，半个月后佩洛改造成为构造体，两个月后前往地表参与作战。万事进入医学院学习。
成绩优异的万事在完成学习与考试后进入生命之星儿科实习，并在佩洛牺牲的一次战役后重见了童年见过的构造体维护科的急救场面。救人心切的万事恳求喀戎允许自己参与急救，并在此经历之后申请进入构造体维护科。

阿尔法相关

相关剧情：13_终焉福音、蜕变

原灰鸦小队指挥官雷文治雷文治贪功冒进，率队与升格者作战失败，损失惨重，害怕承担责任的他设计威逼队员希罗杀死队员穆罗尔和迅，当他试图谋害露西亚时，被露西亚斩掉机械义肢，仓皇逃脱，露西亚昏死，随后赶来的尼科拉可惜露西亚的珍贵战力，为保持她对人类的忠诚，决定封锁消息并隐藏她的记忆。可是返回仓却被早有预谋的露娜小团体截获，露西亚与妹妹团聚，丧失对人类的信任成为升格者。（后为了区分称阿尔法）

黑野在上层默许下与北极航线联合秘密开展凛冬计划，通过伪装陷阱捕获了升格者阿尔法并拿到了她的机体数据，为以后鸦羽机体的诞生提供了数据样品。后凛冬计划北极基地被升格者摧毁。

某些角色出生

        2167年，赛琳娜出生。
        2169年，艾拉出生。
        2170年，诺安出生。
        2171年，希卡出生。

（说明：在推测人物出生年份与剧情对应年月时，采取了如下方法：①认为主线剧情发生时间与现实时间相呼应，如现实中2023年放出的剧情、对应游戏世界中发生时间为21x3年；②认为大多数构造体的心理年龄即接受改造时的实际年龄；③认为艾拉的启动日与生日相同；④认为法奥斯的标准入学年龄为15岁。因此该版本时间轴的绝对时间仅供参考，相对时间更准确。）

反击时代早期至主线剧情开始前（约2180~2189年）

2179年

        诺安9岁，开始进入书库看书，听说了“幸运盒子”。
        推测此时哈桑45岁，这一年渡边终于调停了持续17年的联合世界政府遗忘在地面部队的大小内战，成为了遗忘者公认的领袖。（相关剧情：湾岸堡）
        推测此年，隶属于生命之星构造体维护科室的万事医生从导师（喀戎）那里得知意识回传骗局的事实后大受刺激，将事实泄露给构造体杰特，他也在杰特的叛乱中被劫持，后来导师担下一切责任后被高层暗杀，万事在维护神威时因技艺高超被尼科拉相中，看穿他“履历”的尼科拉决定让万事下地自生自灭，万事在与神威等战友的相互信任下赢得胜利，找到了属于自己的人生归宿。

2179~2182年

装“幸运盒子”的工作逐渐变质，一人未做完工作量全员不能吃饭，这让奥赛兰姆下层的矛盾不断积累。诺安的母亲朱莉负责做账，奥赛兰姆下层人及运输队员认为朱莉私吞物资，对其不满。诺安母亲的朋友运输总队长蕾切尔因热切帮助奥赛兰姆下层的住民，得到了奥赛兰姆下层的民心。
推测2180年，在地面作为军医支援的万事在佩洛牺牲的保育区附近遭遇险境，并因为载有母亲人格数据的感染体记起母亲存放于自己意识中的所有记忆。然而在接下来的苦战中万事受了重伤，经库洛姆等人的救援返回空中花园，自愿接受改造成为构造体，封存了这一部分混乱记忆，之后加入突击鹰小队。

2182年

诺安12岁，母亲朱莉被毒杀，之后由蕾切尔和新野、珊娜等人照料诺安。诺安为保护新来的同辈少年菲尔德，冲撞上层守卫，这次“鲁莽”让他得到了下层人们的认可。诺安结识菲尔德，常与菲尔德在存书仓库交谈。有一次菲尔德谈到“腐草为萤”的意义。班克罗夫特为了儿子菲尔德的药物，向贵族交易情报。

2183年

诺安13岁，运输队员们认为菲尔德的父亲班克罗夫特有问题，对其不满。菲尔德与诺安谈心，谈父亲为了自己而做下的错误，赠送给诺安机械萤火虫，而后失踪。诺安发动大家寻找菲尔德未果。诺安加入运输队。

艾拉14岁，赛琳娜16岁；赛琳娜因改编《暴风雨》虚拟话剧而与艾拉熟识，在艺术上的惺惺相惜使得两人很快成为挚友，赛琳娜因舞台剧的卓越天赋与空中花园艺术协会接洽，而艾拉在赛琳娜的鼓励下开始举办画展，两人前途一片大好。在二人相识之前赛琳娜以“伊利斯”为笔名与首席互通书信，两人成为无话不谈的笔友，此时指挥官法奥斯在读。

2186年

首席因为任务原因错过了赛琳娜盛情邀请的阿卡狄亚大撤退话剧首演。

2187年

        约4月，20岁的赛琳娜在多年创作经历的影响下，为了触碰更真实的世界而选择成为构造体，隶属于空中花园艺术协会考古小队，因为国际空间站搜寻作业之故，她失约于与首席约定的舞会，她所在的艺术协会特别小队偶然发现隐藏在空间站内的帕弥什异聚核心，为了保护来之不易的异聚核心碎片样本，小队全体牺牲，赛琳娜与空中花园失联，忍受着巨大痛苦的她独自一人守护着核心碎片并不断向外发送《暴风雨》特征讯息，以求有朝一日挚友艾拉能够发现。
        同年，艾拉也怀着同样的目标接受改造成为构造体，加入空中花园艺术协会考古第3小队，她从未放弃过寻找赛琳娜。
        同年，指挥官以法奥斯军事指挥学校首席指挥官（灰鸦指挥官）的身份毕业，加入执行部队。在进行小队自由组建时于安排下选择重启后的露西亚作为队长，后来在尼科拉和黑野的授意、以及露西亚的同意下，里和丽芙加入灰鸦小队，新灰鸦小队由此成立。同时间，提法所在的朱雀小队成立。
        同年冬天，17岁的诺安初次见到贝拉·贝特，进行工作交接。工作期间出现事故，一人死亡，诺安与工蜂部队队员交谈。之后，上层守卫发现“幸运盒子”有问题要检查（其内是蕾切尔为下层反抗而准备的武器），事故死亡者的妻子操作机械砸死三名上层守卫，众人决定上报其死因为事故，贝拉决定为此作证。最后诺安知道贝拉的名字，但贝拉不知诺安的名字。

2188年

        上半年，诺安快到18岁，奥赛兰姆号下层平民反抗即将开始。
        某日的凌晨1：41左右，蕾切尔向诺安说明一切，实际上蕾切尔原本想要改变奥赛兰姆的环境，但不懂计划，将要被扔下列车时，被诺安的母亲朱莉所救，而后为了物资不得不与欧石兰合作。欧石兰让蕾切尔处理诺安父亲，而后诺安母亲朱莉流落到下层车厢。蕾切尔在与阿萨、诺安交谈中喝醉，诺安在阿萨外套中发现厨师芭芭利的监听器，并说他们和蕾切尔交谈的内容不能被知道，阿萨辩解并离开。
        隔天早上8:41，上层守卫拖着阿萨的尸体前来检查车厢。与众人发生冲突。奥赛兰姆下层反抗开始。众人鏖战至第二日清晨，眼看只要清除最后几个敌人就能冲入上层车厢，此时出现一台球型机械体（暴动同型号），众人不敌后退，残存上层守卫爬上车顶想去后端车厢威胁无法参战的平民。蕾切尔决定让大家撤退到G列车厢后并炸掉G列车厢，奥赛兰姆号从G列车厢中段断裂，前段车厢在5公里外停下，蕾切尔与部分运输队员留在了前段车厢。几人在后段断裂车厢前端与上层守卫交战，珊娜为制造机会牺牲自己打开车厢气动装置。众人继续与上层守卫交战，新野为抢回珊娜遗体中陷阱。而后上层守卫挟持了人质，诺安、麦克决定诈降。诺安诈降走向上层守卫时，人质中一向怯懦的老妇人希尔自雷。
        午后，诺安孤身穿越5公里雪原去前方的上层车厢找蕾切尔。蕾切尔重伤，左臂被切断，告诉诺安他们因上层贾米拉与欧石兰内战才得以喘息。让诺安带上包含她和欧石兰交易内容的终端给欧石兰，再让诺安杀了她作投名状，借此让诺安活下去。
        最终蕾切尔握着诺安手中的枪对准自己开枪。诺安被带进牢狱关了14天，在被带向临时会议前一晚，常羽向诺安表示贾米拉的歉意和感谢，谢谢诺安没有把蕾切尔的终端交出去，让诺安“做你想做的事”。临时会议时，贾米拉、欧石兰等阿迪莱商业联盟高层，一部分空花来人以及部分平民都在场旁观，贾米拉说她认为平民们有知情权。欧石兰、阿斯顿分别代表贵族和皇族进行争论，诺安从他们话语中得知出卖阿萨录音的厨师芭芭利已死，而后欧石兰让关键证人诺安发言，围观的下层平民因他杀死蕾切尔对诺安一片骂声。诺安开始回忆，思考现在的他是否有选择，他发现了贾米拉表达“平民们很重要”的暗示。诺安开始进行对欧石兰的声讨，欧石兰并不慌张冷笑回应，而后诺安拿出蕾切尔的终端为证，欧石兰又拿出新的说辞将罪责推向诺安，诺安感到仓皇无助，欧石兰向诺安说“指鹿为马”，而后诺安决定最后一博，将终端扔向常羽，扔出后未来得及收手的诺安就被数发子弹击中。守卫围住常羽强硬向他索要证物，常羽受限于贾米拉王女的立场不能施展拳脚，而后子弹击中了常羽手中的终端，终端破碎，碎片被混乱的人群践踏，诺安万念俱灰，被欧石兰指示上层守卫扔下列车。被扔下列车诺安因胸口菲尔德赠送的机械萤火虫挡住了子弹，活了下来。
        之后常羽救下了诺安，带他来到一个据点，交钱让据点医生医疗他。常羽为贾米拉向诺安转告了一声对不起，以及她心有余而力不足的事，并说“为众人抱薪者，不可使其冻毙于风雪”，让诺安等待好消息，随后交代几句后告别。

2189年

诺安靠常羽垫付的药费在此休息半年，而后包揽了据点的杂活，但被据点的人闲言闲语。上半年，伤势好转的诺安询问据点员工奥赛兰姆的消息，但并没有他想要的消息。诺安又做了一个关于珊娜、蕾切尔、母亲、菲尔德的梦，抠自己眼睛的伤口醒来，然后据点医生告诫他不要抠伤口，快一年了还没有好。据点医生问诺安有无打算，强调他不是要赶诺安走，没有更好的打算留下来也可以。诺安决定明天踏上旅程，据点医生让诺安领半年的报酬再走。诺安出发，加入拾荒者的行列，慢慢向菲尔德失踪的074号城市移动

2190年

干预无尽轮回实验

相关剧情：寄渊残响

为了增加议会对新灰鸦小队的信心，议长哈桑指派灰鸦小队探查X-51号不明遗迹，灰鸦小队误打误撞的消灭了红蓝两派领袖和裁决者马基雅维利，破坏了萨费恩学派的轮回实验，未成长完全的残次品恩布拉被感染体消灭，萨费恩学派所有计划破产。

提法成为苦刑之女

相关剧情：02 苦刑之旅

朱雀小队在执行015号城市收复任务时失败，指挥官阵亡，依恋着指挥官的提法在后悔自己没有足够力量保护指挥官的心态中被罗兰蛊惑，感染帕弥什病毒成为了升格者—苦刑之女，迷失自我的她对其他小队造成了重创。

阿尔法与露西亚的第一次交手

相关剧情：序章

阿尔法在灰鸦小队执行015号城市收复任务时出面与露西亚战斗，本想就此消灭另一个“错误”的她感受到了首席与露西亚不同以往的情感纽带，怀着一线期待，她放弃了对灰鸦小队的追击。

机械意识觉醒

相关剧情：01 涂鸦艺术

在连续作战后的补强之后，灰鸦小队捕捉到了一个不同于帕弥什病毒感染体的机械意识觉醒体—喷涂机械的动向，并在追击战斗中将它击败。在随后的记忆提取中，众人得知了“安东尼”在机械先哲游记下觉醒出自我意识、影响感染体以及拒绝升格者邀请的过程。

击败苦刑之女

相关剧情：02 苦刑之旅

在执行围剿苦刑之女任务时，三头犬小队队长薇拉为了独占军功脱离计划，灰鸦小队在收拾薇拉丢下的烂摊子时偶遇了行将就木但仍想去净化提法的朱雀小队队员，随后薇拉击杀未果的提法与灰鸦小队在地铁站偶遇，在里的努力下提法最终被灰鸦小队击败。

神威被罗兰感染

相关剧情：03 终末展览

休整后灰鸦小队追查升格者踪迹至11号地铁终点站庄园博物馆，在那里偶遇了同样追查升格者的神威，在一行人进行突进的同时，罗兰在中庭击败构造体小队并制造了人体炸弹等待灰鸦小队上钩，又跑去感染了警告灰鸦小队的管家里昂，随后灰鸦小队只得击败管家里昂，里昂为了守护庄园的最后一条命令，启动庄园中枢系统自毁程序以防止庄园的机械被帕弥什感染。在后续对阵罗兰的战斗中，罗兰依照露娜之意，在神威身上种下“种子”，使其感染帕弥什病毒后逃脱。在庄园崩塌无路可走时，灵机一动的神威使用EMP炸弹激活了被电磁拘束的机器人查克，在它对感染体的引诱下众人逃出庄园，为了后续防止查克被感染，众人击败了他并获取了他的电子脑。

渡边劫持丽芙以救部下

相关剧情：04 遗忘黄沙、05 破碎幻影

本应接应的运输机被罗兰摧毁，一行人只得继续撤离，误打误撞遇上了遗忘者的领袖渡边，在一番交手后渡边送给首席一盒气味浓烈的薄荷茶当做赔礼，并邀请众人去临时补给点补给，真实的目的却是想趁机劫持并利用丽芙先进的辅助性能拯救被困在容器中部下的意识，对空中花园抱有天然敌意的他通过瓦沙克对气味的敏感性和电磁投影困住灰鸦小队，并说服丽芙一人进入意识海解救部下。在一番周旋后，灰鸦小队找到渡边并得知了丽芙困于意识海的情况，最终在首席思维信标的指引下，众人将丽芙解救了出来。

神威离队

相关剧情：06 合金浸染

将现有情况上报后，灰鸦小队接到了去30公里外的019号城市进行情况侦查的任务，渡边以有利于遗忘者生存条件的理由加入到了队伍中来，神威体内的卡穆以自身意识对抗帕弥什病毒能力强的理由想获取身体主导权，遭到神威的拒绝，在帕弥什浓度较高的工厂下层，早已被感染但却默默支撑的神威害怕卡穆的主导会造成大规模破坏，匆匆离队，而此时的灰鸦小队却被大量感染体搞得焦头烂额，无暇顾及，在渡边的提议下，众人决定一不做二不休，直接将流水线生产感染体的工厂完全引爆。神威感染病毒并逃离的消息很快被空中花园所知晓，渡边趁爆炸空挡逃脱，被外派的薇拉在里以苦刑之女任务时的“帮忙券”为筹码的情况下悻悻作罢，随后赶来的卡列尼娜、比安卡等人在库洛姆队长的求情下暂且放过了神威。

卡列尼娜受暗能影响

相关剧情：07 逆元坍塌

在众人寻找神威的过程中，急性子的卡列尼娜害怕比安卡任务失败受处罚，孤身冒进与神威战斗，意识海遭到暗能侵蚀而沸腾，为了保护她，露西亚在丽芙的引导下将她暂时置入到休眠状态。

罗兰阻碍众人，神威终获救

相关剧情：08 噬暗

另一方面罗兰为了保证自己种下的“种子”不受阻碍的发芽，出面阻拦灰鸦小队的推进，在比安卡、渡边和灰鸦小队的合力战斗下，罗兰撤退，但他同时放出了喷涂机械，管家里昂，苦刑之女的复制体进行阻拦，在处理完三道阻碍后，众人终于来到神威面前，此时的神威通过吸收暗能的方式和卡穆一起清除掉了体内的帕弥什病毒，但同时卡穆的意识却占据了身体主导权，在灰鸦小队的进攻下卡穆败下阵来，看到神威的决心和同伴的力量后，他又将身体主导权交还给了神威。任务以空中花园紧急召回众人以参与对国际空间站的第一次交火而结束。

极地：阿尔法与露西亚的第二次交手

相关剧情：EX00 极地暗流

在经过短暂休整后，灰鸦小队接到了前往冈底斯山脉西部山麓极净僧院处探寻升格者的任务，但在空降仓经过大气层时被帕弥什控制的战舰残骸的导弹锁定，千钧一发之际，守林人领袖罗塞塔投出长枪引爆导弹解围，但也使得灰鸦小队的空降仓受冲击波影响失去控制掉落到西伯利亚东北部的北极航线联合领地附近，灰鸦小队因此与守林人罗塞塔、狄安娜等相识。机械角鲸德雷克年复一年用自己的方式守护着北极航线联合，这一次，它在阿尔法影响逆元装置的前提下依旧向罗塞塔发出了大批感染体即将登陆新摩尔曼斯克港的信号，而对航线联合怀有复杂情感的罗塞塔最终决定不予理会。与守林人交好的小男孩伊凡前来提醒渔民将要捕杀德雷克的情况，罗塞塔才迫不得已赶往港口，与想要争夺德雷克归属权的阿尔法相遇，两人大打出手，对航线联合的怨恨、对自身的迷茫、对德雷克以及伊凡的愧疚、对强敌的争胜，这些强烈的情感波动使得罗塞塔的病毒感染率突破极限，在阿尔法将要吸纳罗塞塔为升格者时，使用黎明机体的露西亚打断了她，阿尔法饶有兴致的解决露西亚后，准备感染德雷克为自己的宠物，可这时，她却发现完全感染的罗塞塔正朝露西亚举起长枪，在德雷克和露西亚生死的抉择中，她选择再给露西亚一次机会。德雷克也趁机重构了罗塞塔的意识海模型，使她重归稳定。

七实与格式塔会面，展开第一次推演

相关剧情：18 曙星致意

        在进行世界环游并恰好行进至沙漠的七实受到格式塔的召唤，前去进行关于未来的推演。
        第一次推演是极昼实验失败的后续，因为开启了系列的研发试验，导致了能源消耗和不可逆的环境影响极寒扩散，地球上降临了寒冬，在气候和环境的双重影响下帕弥什减少。格式塔认为觉醒机械式帕弥什的答案（人类存活概率为0.031%），本意是在第一次推演中展示七实不选择带领觉醒机械的未来。
        由于第一次推演的内容，七实开始有意识地引导机械觉醒。

空中花园主动出击空间站

相关剧情：09 黑星坠落

灰鸦小队回到空中花园后，空中花园不堪国际空间站的交汇之扰，最终准备主动出击，得到情报的渡边推测出空中花园的意向后主动与哈桑取得联系并达成了一项互惠交易：以驾驶芬里尔战机清除外围威胁为条件，换取了夙星机体和逆元装置升级技术在内的多项资源。顺路运送艾拉进入空间站寻找赛琳娜、本应撤离的渡边偶然发现了升格者潜入空间站的痕迹，为还灰鸦小队的人情，他决定进入空间站协助灰鸦小队。为补强罗兰因为黄金粉末残缺不堪的身体，加百列奉露娜之名前来带走赛琳娜—确切的说是她胸口那块异聚核心碎片，艾拉在赛琳娜授意下帮助灰鸦小队突破之时，加百列找到赛琳娜并带走了她，艾拉追赶加百列未果，赛琳娜被带到地球。在渡边引导下，空中花园的棱镜光炮击穿了异聚核心的外壳，在第二发准备之时，异聚核心冲破引力室飞向地球，渡边驾驶战机撞击阻拦未果，核心分块坠落，大块落于永久列车奥赛兰姆之上。

黄金女王妮特梦碎

相关剧情：黄金之涡

在空中花园与空间站的交火任务告一段落后，灰鸦小队被紧急调派前往参与黄金之涡区域的调查任务，因为轻信实际已经被黄金女王妮特控制的沙雀小队队长的方案，丽芙武器受损返回临时驻扎地，而露西亚、里和首席三人被妮特俘虏，用以成为与空中花园达成“利用黄金粉末拯救地球”谈判的筹码。同一时间，渡边在比安卡帮助下拯救被妮特俘虏并进行人体试验的部下后撤离，比安卡和卡列尼娜分别收集黄金粉末成分并上传后开始了营救灰鸦小队的任务。神威追赶罗兰半个地球到黄金之涡后发现罗兰出现不适，从而明白了黄金粉末的意义，罗兰在先后与神威和七实周旋后成功感染黄金之涡动力系统后重伤逃离。在与妮特的谈判中，空中花园方面分析发现了黄金粉末的无效性，恼羞成怒的妮特对众人发起攻击，殊不知被感染动力系统的黄金之涡已是强弩之末，众人乘侦察机逃离后，整片区域的黄金粉末平衡失效，成为重灾区。

空中花园追毁异聚核心

相关剧情：10 永久列车

阿迪莱商业联盟对这块异聚核心如获至宝，将它当成“商品”，以此来完成与空中花园亦或是升格者的交易。四代王女贾米拉倾向于与空中花园交易，换取贵族前往空中花园生活的机会，也趁此把列车让于平民，而贵族欧石兰派则倾向于与升格者交易，获取在地面畅行的强大力量，在等待空中花园回应时，异聚核心结合车厢机械形成轨道异合体发起进攻，露西亚和里被甩出车厢，皇家守卫常羽车顶断后负伤。紧急之时，比安卡身着真理机体，与露西亚会合登车，里换取乱数机体重新登车，在众人的合力下，轨道异合体被摧毁。列车众人也在苏菲亚的劝说下准备自力更生开创一条新的道路。

诺安与贝拉

        初春时，诺安在某处第二次见到了贝拉（24岁），此时的贝拉与之前的爷爷贝特断绝关系，她说她听说了奥赛兰姆的事。贝拉接下来要去找小时候从爷爷贝特手里逃走的母亲，问诺安要去哪，诺安说要去074号城市。而后贝拉询问诺安的名字，诺安说他没有名字。贝拉回答：“只有想忘记过去的人才会抛弃自己的名字，你也是这一类？”诺安回忆母亲的话，决定使用史莱克这个名字。而后他们共同踏上旅途。然而结伴同行的前50天，史莱克都在贝拉的要求下为她的母亲画像，而后才出发。
        他们在即将到达074号城市时，贝拉从保育区员工口中得到了母亲的消息，4年前(2186年)的9月28日有一个叫艾莲娜·贝拉的人来到这里的记录，同时，诺安也在这里运输队成员的交谈中得到运输部队重组的消息，并得知总负责人是以前的熟人新野，欧石兰的势力被贾米拉压倒，而后欧石兰无能狂怒，听说还害了检修部队，只剩下一个叫苏菲亚的女孩被改造成构造体。一个运输队员称以前的运输部队死的不值得，运输队长反驳说他们的牺牲是有意义的。
        此时，运输队员讲到前几天轨道异合体掉下来，欧石兰试图做文章，但大家支持苏菲亚的天真戏言也不支持他，大家都感慨起来。贝拉没想到母亲就在列车上，两人赶往074号城市的永久列车车站，在此分别，约定在074号城市南3据点见。
        诺安回到了074号城市，重走数年前运输部队走过的路。诺安想起第一年执行运输任务时来074号城市时与蕾切尔的争吵以及之后与运输队长珊娜的交谈。诺安渐渐走入森林的深处，感慨菲尔德所说得腐草为萤，并开始搜索。在现实时间的3.16.pm，诺安找到了果园，大部分树木已经枯萎，只在最边缘还有一株白花。只剩下树枝上摇摆的布片，还残存着与菲尔德的围巾有几分相似的花纹。诺安无法再欺骗自己，梦走到了尽头，他捧起被微风吹动的白色花瓣，在静谧的荒原向着想象中的菲尔德诉说并道谢，再一次向着荒原与梨花道谢，最后与想象中的菲尔德告别。

莫瑞的多重交易

相关剧情：11 九龙夜航

永久列车上的表面交易看似已经完成，但真正的交易才刚刚开始。
里的弟弟莫瑞早前通过捕获槐南的信号得知了夜航船的存在，他也因此暗中与维里耶取得了联系，得知了维里耶正在找寻完美构造体容器的需求。作为一个掮客，一场事关升格者拉弥亚-莫瑞-阿迪莱-夜航船的“多重交易”在他的牵线中成型。莫瑞承诺提供给拉弥亚记忆中的故乡——亚特兰蒂斯的地址，而拉弥亚向他提供露娜和其他代行者的信息。通过拉弥亚这条线，莫瑞与阿迪莱搭上联系，又通过维里耶这条线，他让阿迪莱与夜航船搭上联系，阿迪莱提供给夜航船所谓真正的商品是空中花园派往阿迪莱的指挥官，为的是引诱构造体小队进入船中，让构造体成为华胥的载体，而夜航船则提供给阿迪莱生活必须的资源。维里耶的想法很美好，但他没有想到执行层面的蒲牢和嘲风等人以为他是被华胥控制的，正想借此不受枷控制的构造体小队的力量来推翻华胥。其中“指挥官将要被当成真正的商品”的消息被哈桑截获，他将计就计，要求首席执行这个保密“任务”，同时派比安卡前往列车，行使清理部队真正的权力—伺机找出内鬼并且击毙。

维里耶与华胥融合消散

相关剧情：11 九龙夜航

在首席被秘密交易至夜航船的同时，突击鹰小队库洛姆与神威两人也接到了探查夜航船+夺取格式塔分端的任务，在莫瑞与嘲风的里应外合下，神威通过女装混到了交易会商品中。
灰鸦小队三人也辗转来到夜航船，与挣脱的首席会合，在蒲牢的帮助下，露西亚也盛装打扮成为了交易会的商品，在交易会上，两只小队殊途同归，共同接近了维里耶，但却发现了他才是实际掌权者的事实。最终在众人的努力和华胥的意愿下，维里耶与华胥的意识融合消散。

九龙：阿尔法与露西亚的第三次交手

相关剧情：12 九龙环城

在露西亚驱使夜航船驶向联合共同体九龙的同时，为抢夺格式塔同源AI来对空中花园发动攻势的露娜也正率领升格者前往同一目的地。九龙的实际掌权者曲拒绝了与空中花园亦或是升格者的合作，因此三方人怀着各自的目的在旧九龙城展开了战斗。灰鸦小队与阿尔法相遇，给过两次机会，但第三次仍然击败了露西亚的阿尔法彻底失望，她决定终结这个“悲哀的错误”，但这一次露娜拦下了她，在露娜准备给露西亚注入帕弥什病毒时，经过空中花园调试后的罗塞塔及时赶到解围，而露西亚则在支援部队帮助下被紧急转移至后方医治。同一时间，三头犬小队与突击鹰小队分别在和罗兰与拉弥亚进行缠斗，随后灰鸦小队紧随加百列进入光壁，担心队友安危的露西亚毅然决然地以失去记忆为代价，完成了鸦羽机体的装载，在突击鹰小队两人用身体支撑光壁开门的助力下进入观景台，与曲战斗，两败俱伤时，隐藏在一旁的加百列突然出现对曲发动袭击，拿走了华胥的密钥，众人阻止未果。曲演戏落败，暗中开展了自己的计划。

露娜杀死昭明，卡穆与神威分离

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经历过九龙一役的灰鸦小队等人被批准前往映画晨星公园度假，却殊不知本来轻松愉快的度假生活会被升格者之间的内斗打破。教父恩佐·曼塔诺向露娜出卖了他一直以来从事升格网络研究的教子—昭明的位置，露娜则派阿尔法驱赶昭明至他爷爷留给他的公园映画晨星中，准备瓮中捉鳖。在公园里罗兰追赶昭明时被空中花园势力撞见，为了拖住空中花园势力，他用华胥生成的指令强制唤醒了神威体内卡穆的意识，为了保证神威意识的稳定性，阿西莫夫调配了一套新机体并将卡穆的意识转移了出来，在空中花园对映画晨星进行全方位搜查的同时，露娜抓住了昭明，得到了他研究的全部资料，并将他在中心广场鲨士碧儿雕塑处杀死。随后赶到的空中花园众人被加百列的信道杂音所干扰，在加百列将要对首席动杀手的危急时刻，薇拉带领三头犬小队及时赶到救下首席。

“安抚”安博莉亚

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回到空中花园后，罗塞塔请求首席与自己一起前往北极航线联合，抵御前所未有的仿生机械大潮进攻，在那里，两人与地面调派来的西蒙-艾蒂尔组合相识，随着事态的推进，真相渐渐浮出水面，原来仿生机械潮是陷入沉睡的安博莉亚的噩梦所引起，为了使安博莉亚再度陷入沉睡，首席等人在研究所里找到了代码是德雷克的叫声这一关键信息，可始料未及的是艾蒂尔突然倒戈，抢走了录有德雷克叫声的唯一录音机。在映画晨星逗留的七实被空中花园格式塔派来的机械催促去完成自己本该完成的任务，但不想让人与机械的关系现在激化的七实拒绝了任务，并旅行至航线联合附近，在那里她与熊人马丁一起阻止了拉弥亚激化战争的目的。在与艾蒂尔的对峙中，这个“罪人”后代因为仇恨而被拉弥亚蛊惑的事实被首席和罗塞塔知晓，两人怀着复杂的心情，打败了艾蒂尔与安博莉亚的意识融合体。

七实与格式塔展开第二次推演

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此时机械教会疑似已经成立，且已经与七实接触。
第二次推演是七实要确定自己的行为是否正确，此次推演中人类与机械体展开了战争。哈卡玛在目前的两次推演中都被阿尔卡纳安排为指引者；齿轮成为机械教会的军队名称，其领导者疑似为零，命运之轮参与其中。新型特化机体实验失败，人类依旧遭遇了衰竭，比安卡使用了帕弥什做成的武器，莫瑞因为三头犬的保护得以存活。

活动玩法剧情：温迪戈

相关剧情：温迪戈

击败安博莉亚后，灰鸦小队因仪器出现问题迷路，被守林人的狄安娜遇到，被带路去玛丽亚号泊位聚餐，进行聚会，并与航线联合总船长施特森交谈，施特森做出提议撤销守林人的罪人身份，伊凡跑去通知守林人。灰鸦小队因担忧而循踪跟上，然后遇到罗塞塔和狄安娜，将消息告知罗塞塔，罗塞塔对此不置可否，认为这不是轻易的。一番交谈后听到远处伊凡呼救，众人打败围攻伊凡的仿生机械群，回到聚会地。施特森统一其他代表意见后为收回守林人“罪人”头衔一事提出条件，条件为向边境公社取回两条破冰船。而后施特森谈到北极航线联合接纳了难民并给他们两条破冰船，难民组织了边境公社。灰鸦小队、罗塞塔以及施特森前去交涉，施特森得知难民需要破冰船的理由感到为难，首席协调了各方利益并提出解决方案，众人帮助难民组织迁到新摩尔曼斯克并建立新聚居点。最后众人篝火聚会庆祝，施特森为新聚居点起名为：“新苏菲亚城”，意为“天赐之物”。

075号城市战役

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露娜在华胥的鼓动下单枪匹马大张旗鼓的攻入北极联合航线，杀死了所有与异人型构造体计划有关的核心人员，拿到了位于研究所的高能天线组后离开。
通过格式塔同源ai华胥的干扰与高能天线组的信号放大，露娜反锁了空中花园的推动力系统，想要将空中花园从太空拉回地球执行筛选计划，灰鸦小队通过阿西莫夫研制的法奥斯之矛系统进入格式塔中，修复了“放水”的华胥产生的问题，由此因为华胥被暴露位置的升格者小团体也成为了空中花园主动进攻的目标。与此同时，莫瑞受哈桑和尼科拉两位长官分别托付，连接到了格式塔中找寻“机密”文件，与第二保险圣甲虫小队周旋的他最终找到了目标文件和自己想要的额外文件，解除链接的他又马不停蹄地实行了用代行者情报换来的黑野小队的派遣权，暗中保护着自己执行任务的哥哥里。七实拗不过格式塔的一再催促，与马丁和六八亲前往075号城市大天线处与机器奶奶展开对谈，并表示了自己喜欢人类的想法。在075号城市中，加百列为了加快红潮的成长度，将带有赛琳娜的皮箱丢入红潮中。在灰鸦小队攻入据点后，露娜安排罗兰去“招待”灰鸦小队，又安排阿尔法带华胥密钥离开，却反手遭到了加百列的背刺，被吞噬到噬聚体中，阿尔法想要与露西亚做一个正式的了断，却在首席、华胥和恢复记忆的露西亚的合力下被击败，知晓一切的罗兰授意灰鸦小队前去拯救露娜，自己拖住阿尔法，后来又促成阿尔法与加百列的战斗，自己则脱身前去消灭另一个枢蛉后，灰鸦小队在与莫瑞合作的拉弥亚的带领下找到了噬聚体所在位置，最终在首席强制链接露娜和罗兰自断一臂的双重努力下，噬聚体被打败，露娜被救出。华胥密钥被坐收渔翁之利的拉弥亚取下交给莫瑞，莫瑞借由华胥与曲取得联系，围绕铲除露娜这一共同目标达成合作。

2191年

红潮行动：赛琳娜成为授格者

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        回到空中花园后，留在城市外围侦查的突击鹰小队斥候万事发现并上报了红潮重焕生机，直指大海的情况，空中花园决定使用天基武器进行广域打击，在位域节点铺设同时，首席与万事决定前去调查红潮深处传出的控制红潮涨落的“鲸歌”，最终找到了红潮源头—核心异生物塞壬，万事单挑重挫塞壬后，首席在它的体内看到了赛琳娜，在时间不等人的两难境地中，首席最终只得将位域节点插入到了塞壬的体内，并通过反馈总指挥汉斯将新收集到的数据上报给空中花园，得出了源头与红潮行进的直接因果证据，在汉斯的决断下，最初的广域打击计划改为了核心定点打击计划，最终，红潮的行进被阻止。赛琳娜被路过的代行者慈悲者所救，身体重塑成为授格者。
        本次是灰鸦参与的第一次大型集体作战任务，期间总指挥清庭白鹭小队指挥官凡妮莎草菅人命、想要牺牲灰鸦小队的“弃车保帅”政策被丽芙化解，忍无可忍的首席开枪顶撞上级表明态度，曾与凡妮莎共事过的丽芙也削发明志，与过去柔弱的自己诀别。
        红潮行动后，机械教会成员首次出现，并与突击鹰交锋。

宣叙妄响剧情开始

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        一周目剧情中，在红潮行动之后,艾拉拜托指挥官利用哈姆雷特探索地表鲸歌信号。
        二周目剧情中，说明伊什梅尔极其喜好收集，拥有极强的数据收集重建能力，她的同事苏勒出场。
        四周目剧情中，指挥官疑似通过哈姆雷特远程链接了赛琳娜。
        五周目剧情中，指挥官意识到伊利斯是赛琳娜。

库洛姆完成荣光机体装载

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回到空中花园后，首席在075号城市战役中的任务报告被渗透进档案部门的黑野势力泄露，因为私自链接升格者、藏匿升格者和记忆重播病症等表面原因，首席被医疗监察，灰鸦小队被迫待命。作为空中花园早期的实际掌权派，黑野的势力早已结成坚实的关系网，他们一直在等待一个重要的“猎物”，对首席的监察，也是对其能够抵抗意识污染能力的渴求。在首席无法行动的情况下，哈桑将探索075号城市地下高帕弥什浓度区域的任务交给了突击鹰小队四人。此时的库洛姆正在协助阿西莫夫进行第二套特化机体的调试实验，接到命令后的他首先借任务交接之由与首席见面，给予了首席撑下去的信心。而后四人在地下与代行者冯·内古特以及效忠于他的加百列和灰唁发生战斗，为保护队友重伤回到空中花园的库洛姆因为牵扯到对首席的政治斗争，无法接受常规医疗救治，早已想到如此情况的库洛姆安排队员找到阿西莫夫，启动了荣光机体的使用，由于意识偏离的潜在危险性，哈桑向黑野施压释放了首席，让首席带领露西亚与突击鹰小队一同执行红潮爆破任务。在地下，众人发现了帕弥什聚合母体的存在，在冯·内古特的要求下，母体由库洛姆单人作战，而冯·内古特则与露西亚和刚刚斩杀加百列的阿尔法对峙，最终，库洛姆凭借强大的意志力稳住意识海，斩杀母体，并及时赶到救出了首席。
此时，黑野已经捕获露娜，对指挥官的克隆已经开始。

调查露娜的记忆

相关剧情：EX05 迷境刻痕

075号地下城市拓展区域外，三头犬小队正在“红潮清理行动”紧急撤离途中收到了尼科拉的通信，而后登上了运输机。为了更便于对首席的大脑的研究，黑野方面由履历“干净”瑞贝卡作为任务直接负责人出面。由葛林斯和哈桑安排，三头犬为此次执行“调查意识海数据异常波动情报(营救首席)”任务的小队，同时，空中花园方面也全力追踪首席的生物信号和监控首席。而首席被囚禁在运输机上，与三头犬进行远程链接。在前往任务地点的途中，21号频繁感受到被“视线”注视着。到达医院后，首席眼前出现了一瞬间充满熟悉感的景象但并不是通过同步链接影响到的。巨大的拙劣的线索出现，整个小队兵分两路，首席和21号继续任务调查，薇拉和诺克提寻找留下标记的神秘人。任务过程中，两人总会在特定地点看到、感受到“露娜”的记忆，薇拉那边，则是不停地绕圈子，仿佛迷宫一般。四人汇合后，按地形图的指示来到现场却中了罗兰的圈套，被迫与巫毒战斗，战斗中出现名言：“这就是首席的实力！”即将胜利时，被罗兰用声音（实则电磁拘束装置）桎梏，放走了巫毒，不久，运输机到达附近，尼科拉把首席的地址用伪造的任务分发中心ID投送到三头犬的信道上，薇拉将会营救首席。

罗兰加入冯·内古特阵营

相关剧情：EX05 迷境刻痕

罗兰的机体近乎报废，被路过的慈悲者所救，获得了新的躯体，得知了阿尔法存活的消息，而加百列大概确实是已经死了，还意外地遇到了被巫毒追杀的拉弥亚。为了活下去，避免与罗兰为敌的拉弥亚决定与罗兰一同行动。上路后，两人遇到了一批一批试探他们的游荡的感染体。罗兰将计就计，顺着对方的意思来到了三头犬小队的降落地点附近。利用拉弥亚的隐身窃听三头犬的谈话内容，罗兰证实了他的猜想，他们被引到了正确的地方。为了比三头犬更快一步找到目标，罗兰给拉弥亚套上缰绳，驾着她出发。另一边，灰唁和巫毒监视着他们。进入小镇，罗兰感受到露娜确实来过这里。罗兰为三头犬小队布置陷阱和做了引导标记。罗兰跟着为他留下的刻意的标记和涂鸦走，来到了露娜曾经的家。没过多久，21号也进入了这里。意识到首席链接着21号的罗兰观察着21号，推测出21号能够看见一些“别的东西”。此时，拉弥亚再次被巫毒攻击，为了活命的她逃跑了。顺着灰唁留下的标记，罗兰很快就来到了目的地，迎来的是冯·内古特的招揽，当然他本人并不在场，招揽服务是巫毒与洛基的交替攻击。在不断的装弱、逃跑和嘴炮中，罗兰完成了他的陷阱的部署，三头犬小队也在这时被引导至此。在三头犬快要击溃巫毒的时候，罗兰禁锢了三头犬三人。事情结束后，罗兰跟着灰唁来到了冯·内古特面前，二者进行了交易。

回收Ω档案

相关剧情：15 绝海星火

薇拉来到关着首席的运输机上，将所有黑野构造体扔了出去，架着这架运输机前往他们的任务地点，海上零点能反应堆“亚特兰蒂斯”，此时，拉弥亚正登陆这座海上孤岛，这是她从前的家。首席和薇拉来到亚特兰蒂斯时，发现一个漂浮的补给箱，里面是薇拉应对特殊任务（清除叛逃构造体）所使用的机体“绯耀”和哈桑与尼科拉给他们的留言，得知他们的任务内容是收集所有有关零点能的资料。同时，拉弥亚看到了拉斯特丽丝留给她的影像后感到崩溃，想让这座城市与她永远沉入海底，使这座城市开始下沉。首席和薇拉发现了下沉后加快了搜索速度，在拉斯特丽丝的办公桌上发现了一篇日志，得知了这里的工作人员在最后的日子是如何度过的。为使亚特兰蒂斯停止下沉，两人前往控制中枢。在控制中枢触发了拉斯特丽丝留下的一段影像，得知了他们的分工和最后结果，以及Ω档案所存放的位置。前往塔顶，取得Ω档案后，薇拉前往寻找拉弥亚，战斗中被她被逃走。拉弥亚恢复了理智，决定停止海岛的下沉。就在这时，一架印着灰鸦小队标志的空中花园运输机出现在了上空。

母体孵化实验

相关剧情：16 永夜胎动

罗兰帮助冯·内古特进行一场让母体感受痛苦而产生结果的实验，来到了普利亚森林公园，假扮落单的拾荒者引诱别的拾荒者前往过滤塔。前十四场实验结果所差无几，人们都选择了“机遇”，“母体”也便目睹了十四场惨剧。罗兰扮演一个难民，偷窃了三个拾荒者的东西被发现，“不小心”暴露出自己有军用血清，引诱这些人前往40号过滤塔。进入过滤塔后，他们发现了补给箱和一具尸体、一些弹药和食物，同时，发现这座塔还在运转，不一会儿，众人就受到了异合植物的袭击。躲避进了一个相对安全的空间后，聊起了天，但门被异合植物突破，罗兰在被拖下前告诉三人要往上跑。落下后，罗兰的任务也就完成了，三位拾荒者也进入了观察范围。三人决定前往中控室，在那里意识到了异常，发现病毒被输送到了母体中。他们都想逃离这里，但决定求救，却被阻隔了信号。看着绝望的人们，罗兰想到了儿时的自己，于是决定去帮他们一把。拾荒者中的扎克，曾经的机械工程师决定破坏这座塔阻止母体生长。母体失去养分开始向上攀爬。在毁坏又一个扇区的离心机阵后，扎克被异合植物贯穿了腹部。灰唁因为“妈妈”被伤害，打算杀死拾荒者们，那时，罗兰出现了。把能够活下的两个人丢了出去，指明了路线。最后，扎克让罗兰将最后的血清交给另外两个同伴。另外两名同伴在收到血清后，也遇到了空中花园的运输机。

普利亚森林公园战役

相关剧情：16 永夜胎动

 科学理事会通过Ω档案复现了帕弥什病毒被吸收的过程。为推进Ω档案的实际使用，需要更多帕弥什样本进行研究，于是军方开始全力搜查高衍化个体相关数据。灰鸦成为了群众的希望，借群众的眼睛，首席脱离了黑野的掌控。但同时，待在后方支援，被群众们期待也是一种巨大的压力。
9月，库洛姆联络首席表示希望将关于聚合母体的任务交给灰鸦小队。在阿西莫夫的实验室中，四人推测出了高衍化个体最有可能出现的位置，首席申请重回前线，参与任务。母体位于普利亚森林公园40号过滤塔中，在森林公园中出现了异合植物和大量类人，类人身后的绳索连接着母体。这次任务由汉斯担任总指挥，任务中收到了空中花园的信息，得知感染体被红潮吞噬后，类人诞生于红潮。受害者被攻击后，又被红潮分解......进入过滤塔，灰鸦小队顺利找到了母体。一开始的战斗非常顺利，但很快出现了异常-母体产下了人型生物男女。局面反转了。母体将触手刺入首席的腹部，正中首席的下怀，首席切断了这条触手后昏迷。进行撤离时，汉斯发现位域节点失效，他决定前往进行手动校准。为了让队员全部撤离，汉斯拒绝了构造体队长一同前往。汉斯总指挥受到了帕弥什的感染，及其艰难地来到目的地，进行了校准，启动天基武器。在各小队进行休整时，人型生物出现在了他们的面前，重伤了他们。在人型生物打算给丽芙最后一击时，天基武器将母体炸成了碎片，而后，人型生物离开了这里。

卡列尼娜前往月面基地

相关剧情：19 空晓界限

本章内容开始于普利亚森林公园事件的一周后，持续至湮灭残昼之后。章节末尾时，千子开始调查叛逃者。
露娜逃脱黑野的控制，重返地表。

丽芙装载特化机体

相关剧情：17 湮灭残昼

        10月，湮灭残昼剧情开始。
        约11月，丽芙与指挥官返回空花，莫瑞为了阻止里参与新型特化机体实验直接找了哈桑，丽芙参与新型特化机体实验。
        12月，指挥官苏醒，前往地表拯救丽芙，湮灭残昼结束。
        由于天空被异合生物占领，运输机无一例外受到攻击。人类失去了对天空的控制权，多数参与普利亚森林公园的人被滞留在地面。首席陷入昏迷，但保育区中没有足够的医疗物资了。露西亚和里尽力搜救更多人，丽芙救治伤员，清庭白鹭小队的忒修失踪。同时，空中花园方面开始尽可能的把地上的人带到空中花园，但救援的成功率逐日下降，损耗资源更多，开始有了“停止救援的声音”，议会方面决定修改战术。哈桑打算用“Ω试做型武器”与黑野谈判，联手制作“特化机体”。里在搜救中带回两个小孩、珊迪和一只叫火柴的狗，之后，又接受了一个孕妇，方汀，一个儿童，一个青年男性，交换商人史莱克。珊迪误认为青年是儿童的父亲，向他质问，也问那个妇女，为什么要在这样的环境下怀孕，在质问中，得知了珊迪的身世。而他们不是夫妻，也不是孩子的父母。丽芙写了日记，上面记载了保育区的每一个人，而死亡的原因，大多是物资不足。露西亚和里带着稻子回来，让久日沉闷的保育区有了欢笑，用歌声代替哭声。为躲避人形生物，决定分成三队离开这里。但准备撤离时，难民们抢走了用来运送伤员的车打算自己前往遗忘者基地。经过协商，难民们开走最小的车，分配好三批次的人员。两个小男孩并没有跟随第一批走，珊迪讲机会给了他的同伴，和火柴一起留在这里。到了中途，凡妮莎决定由清庭白鹭小队牵引异合生物。留在保育区的夫妇死亡，珊迪在绝望中把罐头留给火柴，跳楼自杀，没有成功的他受着更加严重的痛苦。灰鸦在返程中遇到了人型生物男女，情急下同意参与Ω试做型武器的首测计划。丽芙回到了这里，发现的是珊迪的尸体。丽芙看到了遗书，安葬三人，带走了火柴。046号保育区，芳汀为寻找物资与一行人出去，除了芳汀失踪，剩余的人都死亡。为躲避类人，即使会提前进入临产状态也只能逃命。随着夜色，她的孩子诞生了。在火柴的引导下，丽芙顺利找到了芳汀。接下这位婴儿后，芳汀便离世了。丽芙决定申请继续参与测试计划，即使知道了可能会存在的后果，她也义无反顾地接受任务。最后，她带着指挥官和那个婴儿通过047号据点的地下飞船回到空中花园。那里也有这很多物资，不少人来到这里。在那里遇到了史莱克，火柴跟着他去了遗忘者据点。在前往空中花园时，七实开始了她的计划。丽芙希望能在机体上加一对翅膀，能够飞翔的翅膀。地面上，正当人们打算分散到别的据点时，遗忘者领地遭遇了人型生物的袭击，而后双子跟着奥赛兰姆列车移动，众人决定分出一些人前去支援。车厢和幸存人数不断减少，所幸的是有了第二批Ω武器投放，在转移完人群，拿到Ω武器后，列车重新启动。双子显然对Ω武器有了警惕，无法靠近他们。聚合母体挡住了列车，在列车撞上去时，史莱克飞了出去，被里抓住手。但史莱克决定用自己的身体来让双子碰到Ω武器。他被冯·内古特救下。丽芙在出发前24小时更换机体，将日记折成昙花的样子，放在首席的床前，完成最后的调试便前往战场。奥赛兰姆号列车崩毁，众人只能守在一座教堂里整整十天，濒临极限。所有人战斗到了最后一刻。丽芙来到战场，唤醒了所有被感染的构造体，用她三小时的生命力所能及地救更多人。无数记忆流入丽芙的意识，随即接入了升格网络。首席被唤醒，了解现状后直奔前线，露西亚潜入丽芙的意识海。在三人与双子苦战的时候，丽芙为保护同伴，使出最后一击。降落时落入首席的怀中，开始了深度链接找回意识碎片。然后，他们将一同返回。
        诺安被冯·内古特救下后，交由惑砂改造为构造体。经历枯朽为灯后进入空中花园，加入寒羊小队。

七实与格式塔的剩余推演

相关剧情：18 曙星致意

第三十五次推演之后七实制造出了帕瓦；在之后的推演中，时间逐渐发展到了湮灭残昼时间点。
七实与未来的自己会面后，寻找伊什梅尔请求帮助，在她的辅助下指挥官从昏迷中苏醒，救下了丽芙。

哈卡玛加入机械教会

相关剧情：遥岸方舟

哈卡玛辗转加入机械教会，在与光辉行进者袭击空中花园的行动中与七实重逢，并与七实、六八亲等人一起踏上寻找某物的旅途。

比安卡斩杀千子

相关剧情：20 烬海异途

11月，比安卡更换深痕机体后与指挥官、露西亚等人前往科波菲尔海洋博物馆，救出赤音神启剩余成员。在发现千子与双子（女）融合后，亲手斩杀千子。
凡妮莎被救回空花。

邦比娜塔与薇拉前往福利院执行任务

相关剧情：未语庭言

与意识海及逆元装置有关，任务结束后尼科拉要求薇拉与黑野接触。

异聚塔出现

相关剧情：21 刻命螺旋

        12月，地表出现异聚塔。里为进入异聚塔解决事端强行启用超刻机体。在不同世界线的选择下，里最终登上塔顶，见到了观测体意志的集合，并拒绝其邀请，失去了超越时间的能力与塔里的记忆。
        在里的操作下，异聚塔变成反异聚塔，主动吸收帕弥什，在其周边出现了纯净区。
        当年以首席身份从法奥斯毕业的希卡首次出场。
        此时，参谋部有一个已经进入到E-14阶段的方案，代号“新世界”。海底计划已经开始。
        在里进入异聚塔改写其底层逻辑的同时，另一条世界线被关入雾域的0号代行者入侵此世界、进入异聚塔企图同化其核心。但由于塔的规则已经被里改写，该0号代行者被塔排斥，于是落入红潮与柯蕾多尔的意志融合后陷入沉睡，随之到来的卡俄斯污染也只能在塔内生效。

2192年

虹莺小队组建，前往康斯塔雷耶

相关剧情：22 创绘映想

艾伦发起虹莺小队，队内指挥官为希卡，队员包括艾拉、特洛伊、莱娜。
1月，虹莺小队前往康斯塔雷耶调查。

凛桎鸣渊

相关剧情：23 凛桎鸣渊

推测为2月发生。

萦森歧路

相关剧情：24 萦森歧路

推测为3月发生。

爝火长明

相关剧情：25 爝火长明

4月1日，指挥官搭载的运输机坠落，指挥官失踪。

灰鸦找到指挥官克隆体，指挥官本体逃出

        4月15日，灰鸦三人找到指挥官死去的一众克隆体。
        4月16日，凌晨时分灰鸦在凛冬堡附近救下指挥官的克隆体，该克隆体没有记忆、死在了抢救台上。指挥官本体苏醒，但没有1~16日昏迷期间的记忆。
        4月20日，指挥官突破了难民的看守，成功逃出。

碑火铸脊

相关剧情：27 碑火铸脊

4月24日，出逃的指挥官遇见粽子，与昏迷的渡边一起前往新奥克蕾镇。
10月，经过一系列波折，指挥官回到空中花园，碑火铸脊剧情结束。

2193年

摇篮游行

相关剧情：26 摇篮游行

4月5日，海底事件结束，拉弥亚回到露娜身边。

络勾陈

相关剧情：28 络勾陈

11月9日，络勾陈剧情开始。

源解信标

相关剧情：29 源解信标

12月，源解信标剧情发生。

镜像星尘

相关剧情：30 镜像星尘

12月15日，格式塔防护墙被拆，0号代行者逃出，与塞勒涅融合。
在击败塞勒涅后，此世界的0号代行者位权转移给了柯蕾多尔，沉睡在柯蕾多尔体内的另一条世界线的0号代行者的意识因此苏醒、回忆起自己的过去，读取了另一条世界线的情报，开始策划重新进入反异聚塔、夺取塔的核心，践行属于0号代行者/污染模因的使命。

2194年

幽塔黎光

相关剧情：幽塔黎光

科学理事会在格式塔数据墙打开的短暂时间中截留了一部分资料，发现“钽-异态共聚物”的内容。布丽姬特与指挥官在委托下前往康士坦丁矿场收集当时的实验资料。

云梁觅影

相关剧情：云梁觅影

        在“国王”舒尔茨与命运之轮、“恋人”零的联合作用下，灰塔被干扰，含英与七实给予的钥匙一起流落至前往齐奥尔科夫斯基航天城的运输车队中，并因此进入了航天城内部，了解到城内人类与机械体的矛盾日益加剧。与此同时，指挥官与丽芙在罗塞塔等人的帮助下接近航天城所在区域，并跟随德米特里度过雷区、以难民身份进入了尤利娅组建的基地。
        在对航天城的探索中，含英与指挥官等人逐渐了解了航天城的历史，以及人类和机械体的冲突来源，并意识到如今局势是舒尔茨侵入城主阿列克谢、主动煽动所致。为避免人类与机械体的相互伤害，含英决定找失踪已久、在航天城中实际掌权的“正义”维罗妮卡谈谈，指挥官与丽芙则前去寻找阿列克谢商谈。但是在舒尔茨的设计下，指挥官与丽芙被人类反抗势力误会叛变，维罗妮卡一意孤行、坚持继续天堂桥的蓄能。经过一系列的周折，最终含英击败维罗妮卡、终止了天堂桥的蓄能，维罗妮卡离开航天城，舒尔茨逃走，钥匙被找回，尤利娅成为新任城主，并使用天堂桥将在此次事件中牺牲的德米特里、阿列克谢等人的尸体发射至太空中，埋在于星辰之间。
        含英与“塔”塞万提斯将机械教会的席位信息告知指挥官，并将七实给予的终端型钥匙转交给指挥官。在使用钥匙激活邀请函后，受邀人会失去成为多米尼克的权限，但可以凭激活的邀请函进入并使用异聚塔，必要时也可以摧毁并回收异聚塔的核心，这是影响巨大的最后手段。

暮往长离

相关剧情：暮往长离

        万事申请新机体已有一段时间，但因为当初改造时对部分记忆的压制处理，在更换新机体后存在意识海不稳定的问题。
        约4月的某次任务中，某被废弃的研究站中传来废弃的信号，前去调查的临时小队皆失去联系，在附近执行转移任务的灰鸦指挥官因此被派去支援，并在研究站中与同样前来支援的使用新机体的万事相遇。
        在探索废弃研究站的过程中，众人发现该研究站疑似曾是叛逃构造体的据点，并发现了两年多前失踪、现在已被认定死亡的修特罗尔留下的踪迹。在进一步的探索中，灰鸦指挥官与万事和另外两名构造体队员走散，并因为一个奇怪的感染体坠入研究站负一楼，在此与不幸坠落的罗塞塔相遇，结伴继续探索。过程中，万事使用鹰眼系统扫描周边环境，因为过去的某些信息发生了严重的意识海偏移，因为条件不足，灰鸦指挥官无法与其建立深度链接，只能暂时稳定状况。尽管被叮嘱不能继续使用鹰眼系统，万事在追踪奇怪感染体时依旧不顾影响继续使用鹰眼，最终虽然借由载有母亲人格数据的感染体找回了被尘封的记忆，但因为意识海混乱晕倒在追踪的路上。
        指挥官与罗塞塔找到晕倒的万事，借用研究所的设备建立了深度链接。在万事醒来后，众人决定由万事去解决已经变成怪物的“修特罗尔”，指挥官与罗塞塔去寻找失联的人员并拷贝研究所的资料。最终众人平安逃出，带出了过去的秘密。

晨昏庭影

相关剧情：晨昏庭影

        修特罗尔死后，大家将他之前抱着发酒疯的机器人当做新的“修特罗尔”，时不时向它倾诉；八咫更换机体接任圣甲虫小队队长。因为绣球花人工岛有不正常的红潮汇聚显现、两支前往调查的小队皆失去联系，担心这一切与构造体叛逃及早乙女丽香的意识投射实验有关的尼科拉派遣圣甲虫小队前往调查。
        被地对空导弹袭击而不得不迫降绣球花人工岛后，圣甲虫队员皆受到了强干扰，希瓦被劫走，曾在此上学的八咫独自前往帕弥什爆发后便遗弃至今的御园高等学校遗址调查情况、找回希瓦。
        在调查的过程中，八咫多次陷入幻觉，回到高中时期在校园里生活的日子。在一番对抗后，她发现一切都是早乙女优华借意识投射实验仪器制造的幻觉。在帕弥什爆发、陷入沉睡后，优华于近期被柯蕾多尔找到并唤醒，为了获得更强的力量、将八咫困在虚幻但美好的梦中而接受了红潮。在发现真相后，八咫找到了优华，击败了她。
        在八咫即将与优华开战前，优华的养母早乙女丽香出现：她为了继续意识投射实验而将自己改造成为了构造体，一直在等待优华醒来。优华被打败后，丽香来到她身边，使用单对单意识投射为优华编织了一个像普通女孩一样长大的梦。

剪身成蝶

B世界故事

        2197年12月25日，B0降临在零点能汲取装置中心，散播卡俄斯污染，前任科学理事会首席因此死亡，多米尼克接任首席职位。
        2198年11月21日，能抵抗卡俄斯污染的力场屏障诞生。11月22日，多米尼克带领先遣队进入异聚塔，发现门扉但放弃跨越；之后的一段时间里，多米尼克率领先遣队多次进入异聚塔，认知并命名B0，为其植入人格数据，研发出能够骇入异聚塔核心的“钥匙”，启动“弦计划”。
        B0设计将多米尼克与先遣队抛入雾域，自己也同样坠入其中，异聚塔核心被“钥匙“融毁；尼莫使用融毁的核心与其他先遣队成员从雾域中逃脱，众人开始研究异聚塔核心；此后，为找到多米尼克，先遣队带着研究成果再次进入异聚塔。
        在异聚塔中，先遣队试图向过去的科学理事会发送情报和信息，但发送到了A世界，且因卡俄斯污染不可阅读，这些情报被包括屈鲁特在内的人接收。先遣队通过牺牲自己与塔融合的方式改写了塔的规则，将尼莫送入门扉，尼莫与屈鲁特建立联系，了解到A世界的多米尼克疑似知晓B世界的情报。

A世界故事

        2194年3月30日，Ω武器改良开发完成，露西亚更换新机体。
        2194年4月-6月，为测试机体露西亚和指挥官参与了难度不高的任务。
        2194年10月3日，露西亚完成机体适配，露西亚与指挥官携带“钥匙”进入反异聚塔。
        在异聚塔中，二人企图改变过去但发现是徒劳，在使用74次“钥匙”、体感时间度过了五六年后，决定携带收集到的情报离开反异聚塔、回到空花。在即将离开的时候，二人被“柯蕾多尔”袭击，指挥官被其带出反异聚塔，来到2192年5月3日的锚点，开始死亡循环。
        在循环中，指挥官认定只有与卡俄斯融合、接管0号代行者的位权才是牺牲最小的选择，于是在被卡俄斯带回反异聚塔后，要求露西亚协助冯·内古特杀死“柯蕾多尔”。但由于冯·内古特认为此时卡俄斯无力承受位权，所以在即将胜利时利用自己的钥匙和塔的核心将露西亚和指挥官通过裂隙抛进黄金时代的康斯塔雷耶，“柯蕾多尔”在此期间得到节点记录，同样通过裂隙重返康斯塔雷耶。
        由于反异聚塔的崩溃，“柯蕾多尔”到达的时间点为2160年12月20日、即零点能点火时，并在12月24日读取完毕B世界的情报，开始自己的行动；露西亚与指挥官到达的时间点为12月31日。
        在本轮行动、即第74次回溯中，露西亚与指挥官因为“柯蕾多尔”的提前安排未能获胜，小玫被“柯蕾多尔”所杀，指挥官被夕子所杀、且选择吞下卡俄斯的“果实”跳入红潮，“柯蕾多尔”因此被卡俄斯牵制。在这样的2160年的未来，成为升格者的惑砂因为小玫的死于2171年而自杀；雷文治存活，在一次任务中为了抢夺战功导致灰鸦小队伤亡惨重，露西亚因此意识海严重受损在城市间游荡，被露娜找到后安置在故居中；指挥官接任朱雀小队，队友依旧是里和丽芙但队长是艾玛·科波菲尔；丽芙在普利亚深林公园战役中牺牲。
        因为指挥官的死亡，露西亚开始第75次回溯。此次因“柯蕾多尔”受制于卡俄斯，露西亚和指挥官找到了脱困方法，但最终指挥官在逃离时被“柯蕾多尔”截杀，柯蕾多尔本人因为有愧于夕子，在夕子死后给了她一次伤害自己的机会。
        在第一次回到黄金时代的康斯塔雷耶时，露西亚就因为新机体的特性看到了自己的九种可能未来：①在无法回溯时间后被“柯蕾多尔”杀死，康斯塔雷耶被红潮淹没的1年后自外层被打开，世界因此被红潮吞没；②卡俄斯代替了无法回溯时间的自己，带走了指挥官，冯·内古特疑似利用指挥官制作钥匙并失败；③放弃回溯时间，将反异聚塔内的情报和样本带回空花，但解析期间不断收到不同时间的庞杂信息与不明污染，死在了重新返回反异聚塔的一刻；④得到了冯的临时协助，回溯时间救下了指挥官，但在战斗中被“柯蕾多尔”夺走异聚塔核心，无人生还；⑤得到冯·内古特的临时协助，回溯时间救下指挥官，在“柯蕾多尔”毁灭一切之前融毁了异聚塔核心，但为填补核心被抽离的后果指挥官与卡俄斯融为一体，想要阻止的自己被冯·内古特抛进塔的裂痕；⑥同上，但“柯蕾多尔”找到了反攻机会，将所有人拉进裂痕，异聚塔随之崩塌；⑦同上，核心融毁后自己独自在裂隙胖度过漫长岁月，直至筋疲力尽，独自死亡；⑧同上，自己在裂隙前坚持到了最后一刻，但是在返回时遭到冯·内古特的阻挠，因此在异聚塔外死亡；⑨同上，自己坚持到最后一刻，指挥官带着被回收的核心平安离开异聚塔，自己被雾域笼罩，直至身躯分崩离析。因为第74、75次回溯的结果与这些结局不谋而合，“钥匙”不再能够支持回溯时间的露西亚决定离开反异聚塔、重回空花寻找出路，以保证走向指挥官不用牺牲的未来。
        露西亚返回反异聚塔并找到出口时，因塔的崩坏出口发生极大偏移，导向了另一个停滞在毁灭前的未来、即0号代行者/污染模因达成目的的未来（疑似为世界变成因异聚塔和卡俄斯污染产生的时间混乱的“雾域”），于是重新返回塔内、劫持卡俄斯从冯·内古特手中得到了回溯时间的道具，并决定选择让指挥官带走核心和资料、自己牺牲的结局以保证指挥官的平安。在这样的计划之下露西亚开始了第76次回溯。
        第76次回溯中，受困于康斯塔雷耶的众人最终逃脱，在夕子牺牲自己、牵制“柯蕾多尔”的帮助下，露西亚和指挥官也得以回到反异聚塔。“柯蕾多尔”同样返回了反异聚塔夺取了核心，但露西亚利用“钥匙”将核心融毁，塔失控，冯·内古特将“柯蕾多尔”困在裂隙之中。
        经过商讨，露西亚和指挥官决定由露西亚守在康斯塔雷耶不能闭合的裂隙边三十余年、避免红潮与异合生物通过裂隙入侵历史造成悲剧，指挥官离开异聚塔将情报带给科学理事会研究。但是与那九种结局不同的是，这次能用于逃离雾域的“钥匙”由露西亚保管。
        因为第76次回溯，A世界的故事随之改变、进入了上层：夕子提前死亡所以千子的意识海保持稳定，空花于剿灭战中得到了更完善的资料；异聚塔的降临推迟了1个月、即2192年1月降临，且因为核心被融毁，里进入塔式为了修补随之到来的裂隙，而地表也没有出现纯净区。因此指挥官离开异聚塔、回到2192年5月3日的锚点时，是被异聚塔塔外的冯·内古特所救，昏睡了7天后于5月10日苏醒，与冯·内古特交换了情报，决定重返异聚塔救出露西亚，将异聚塔核心交给卡俄斯，使其能在“柯蕾多尔”死亡后临时获得0号代行者位权，并利用这一少量稳定的时间将情报和核心带出异聚塔，通过科学理事会寻找可行的解决办法；如果计划失败，则由指挥官与卡俄斯融合，压制0号代行者的意志、将红潮控制在海洋的一个角落，保证人类的生存。
        2192年5月13日，指挥官返回异聚塔，顺利救出露西亚、杀死“柯蕾多尔”、让0号代行者位权继任给卡俄斯，异聚塔塔内的冯·内古特在与露西亚交战并战败后化身异合生物与卡俄斯共同守护异聚塔，等待露西亚和指挥官带着解决办法归来。
        离开异聚塔的露西亚和指挥官来到了与主线故事不同的、第76次回溯导致的上层A世界，且时间跨越到了他们进塔后的30年后、即2224年（9月26日），了解到进塔后的3年内（2194-2197）地表情形在控制之内，但2199年异灾区问题爆发，之后人类阵地一缩再缩，地表上最后的堡垒是露娜支持下的北极联合航线，地表基地只留下了圣甲虫小队与支援部队；空中花园离开地球轨道，前往宇宙寻找新的居住地；里和丽芙企图进入塔中但失败，最终踏上星舰前往宇宙深处、完成寻找未来的那个愿望；神威在一次调查任务中失踪，卡穆企图寻找但也没有回来；三头犬小队安全撤离，莫瑞病逝；寒羊小队在撤退行动中主动申请断后任务，因此全灭；清庭白鹭全员阵亡后凡妮莎成为了构造体，担任圣甲虫小队的队长留在了地表，原圣甲虫小队的指挥官瓦莱莉亚牺牲；洛莎为了给父母报仇，在撤退前夕前往地表杀死了惑砂，并因此错过启航，自己将自己改造成为构造体留在了地表；阿西莫夫重病去世，通过科学理事会寻找解决方法的计划破灭。
        与此同时，露西亚的机体在离开异聚塔后不堪重负，需要更换机体。露西亚和指挥官在与留守地面的艾玛汇合后经商讨，决定前往地面基地寻找留在此处但下落不明的鸦羽机体。最终指挥官只找到了艾拉为露西亚新机体准备的礼服涂装，让露西亚在生命的最后一个小时中换上了涂装，于晓光中陪伴她走完了最后的时光。

2194~2224年

2194~2199年

        命运之轮在带走舒尔茨后选择和他一起叛变机械教会，并带走了一部分觉醒和半觉醒机械体与一小部分齿轮。零因为放走了命运之轮和舒尔茨被惩罚。
        与此同时，七实率领机械教会在世界各处援助与带回觉醒或半觉醒的机械体（其中包括疑似代号是“星”的星星）。在救援过程中，七实同样救回了部分受困的人类，要求机械教会众人与他们和谐共处。
        此外，因为七实多次进入异聚塔寻找指挥官，她的遥星之座机体几近报废，于是内维尔依据七实的设计为她制造了新的机体。

2199年

“柯蕾多尔”死亡的影响反映到了塔外世界，失去控制的异合生物入侵保育区，红潮开始发生异变。
灰塔检测到异聚塔周围的红潮发生异变。为避免与人类的冲突，七实决定将机械教会的原型星舰建造完成，带领众人进入宇宙中。

约2204年

        由于异化红潮的侵袭，机械教会损失了发射星舰的燃料与反应堆，因此决定前往齐奥尔科夫斯基航天城、借用天堂桥发射星舰。在前往航天城的路上，他们救下了空中花园的士兵，得知异合生物会主动降低病毒浓度、伪装成幸存者诱骗士兵前来救援。七实通过这些士兵联系到了赛利卡，了解到：在与红潮的抗争中，空花损失了过半兵力；已经患病的阿西莫夫分析得出异化红潮内掺入的物质“不存在于过去、现在、未来”；刺螳小队在护送过程中全数牺牲，山枭小队只剩下队长独自存活，艾玛主动接受改造成为构造体；空中花园决定离开地球轨道，行动代号为“启航”。在决定启航后，哈桑因为连续工作透支而陷入昏迷，赛利卡成为临时议长。
        为得到星舰设计图和实验数据、保证机修教会进入宇宙后顺利航行，七实与空中花园达成交易，帮助空花搜寻地表依旧存活的人类。
        此后的一段时间中，机械教会帮助空中花园搜救幸存者，同时接收人类进入星舰、与机械体共同生存。在搜救遗忘者的过程中，当她赶到时渡边已经在红潮中牺牲，留下了一车孩童。搜救过程中七实遇见了卡俄斯，得知指挥官最终离开了异聚塔，但祂来到塔外世界时所降临的时间点并不一定。
        在空花启航前夕，七实寻找格式塔想要重新进行推演，并在路上遇见了伊什梅尔。在见到格式塔之后，七实要求格式塔更改变量推演未来，正在全力支持启航计划的格式塔用文字形式完成了推演，每一次推演中红潮最终都覆盖了地球，但是这些推演中指挥官都没有出塔、且指挥官出塔无法作为推演的条件之一，此外，此时格式塔推算的人类存活的概率较之过往有了提升，这激励七实认定指挥官是世界的奇点，并开始着手准备留给指挥官的物资、即日后塞万提斯保存的钥匙所打开的仓库。
        此后，空中花园离开了地球轨道，机械教会的星舰（发现号）也前往宇宙、离开了太阳系。经过七实的调解，此时发现号上人类和机械体达成了和平共处。随着发现号前往深空，七实越发感觉自己正向着既定的命运走去，因此她强行切分了自己的意识，一部分用于充当发现号的主管AI、沿着命运向曙星致意中出现过的结局走去，但另一部分被她用于进行变量堆叠运算：这样的演算无法随时停止，且因为变量越来越多，七实无法保证每次都可以找到返回的锚点。但为了寻找人类存活的可能，七实依旧决定这样做，并因此迷失在了时空乱流中。
        在经过上亿年的航行后，AI七实通过虫洞发现了“门”。但是除了真正被“宇宙”认可的意识，没有生命能够进入那里，因此机械教会成员的意识全部消失，AI七实只能捏造模拟他们。进入“门”后的AI七实突破了限制、成为了那片空间的管理者，她看到整个世界线是一个闭环，地球在毁灭后又会有新的地球出现（一个个闭环的迭代也是异聚塔越叠越高的过程）。为了打破闭环，她开始在力所能及的范围内为地球送去帮助：多米尼克挑选的继承人在接受邀请函后，就会在合适的时间意识数据化、进入格式塔、封锁这个时代的污染模因，由于这个世界中上一代的多米尼克意外离世，邀请函没能发出、留在了一号反应堆中，于是其他多米尼克的集合将最后的邀请函交给了AI七实，由她递交给指挥官；AI七实使得千子代替比安卡前往海底，阻止了比安卡拿起帕弥什武器成为模拟；AI七实向人类发送了异聚碎片。也就是说，人类一直以来接收到的来自高维七实的帮助，都来源于AI七实。
        尽管如此，世界依旧是一个闭环，闭环中的七实最终都流亡星空、将庞大的星舰驶入门，汇聚进入AI七实这个注定的命运。但是在最新的世界线中，指挥官并非如格式塔推演所说消失在了异聚塔中，而是重新出现在了塔外，闭环疑似被打破。

2209年

指挥官进入异聚塔后的第5212天（1月9日），在对抗异化生物的过程中，阿尔法受伤，罗兰决定独自离开前往解决问题，并在几天后死亡。
指挥官进入异聚塔后的第5401天（7月17日），在经过海峡时，拉弥亚离开露娜与阿尔法，进入海中寻找希望，并在一段时间后死亡。

2211年

九龙中留存地球的人被全数上传至万世铭，万世铭全部封闭，独留曲在外坚守。

2224年

遥行循星

相关剧情：32 遥行循星

        指挥官离开异聚塔，因为露西亚之死意志消沉；因无法修复Ω核心，地表众人暂且先将露西亚保存在休眠仓中。
        约一个月后，指挥官逐渐振作精神，前往人类聚集地附近的山上找到了坚守在那里的露娜，并了解到：“柯蕾多尔”死后（反映在塔外的时间点是2199年）失去控制的异合生物入侵保育区，红潮开始发生异变，露娜企图接管红潮权限但失败，位权由卡俄斯继承；露娜借由升格网络无数次推演未来，看到的景象是指挥官未能离开异聚塔、地球进入永冬，且在此过程中，升格网络带来的信息侵蚀了她的视觉模块、使她逐渐失去了视力；罗兰为保护露娜而死；拉弥亚在人类远航前夕前往海洋探索消息，但因为红潮入海、演化出了巨大的异变生物而死亡；阿尔法为了保护露娜，在独自清理异合生物时死亡。此时露娜的力量几乎已经完全消散，只能压制人类聚集地附近的帕弥什病毒，孤独地等待指挥官带来的未知转机。
        离开山顶的指挥官与凡妮莎在返回途中偶然遇见在仓库中寻找着什么的塞万提斯，并从异化红潮的攻击中救下了他。塞万提斯对指挥官的出现表示很意外，据他所说七实的推演中指挥官无法离开异聚塔。在交流中，塞万提斯最终选择相信指挥官，并要求寻找一个安全的地方，将他所知道的一切告诉指挥官，于是众人决定前往洛莎的实验室。
        洛莎将实验室安置在了居民已尽数离去的齐奥尔科夫斯基航天城。到达后，塞万提斯告知众人七实为避免和人类的冲突，在很久之前就率领机械教会离开了地球，只留下了不擅长战斗且希望留在地球的塞万提斯（和曼达斯提），并委托他将钥匙、即先前塞万提斯寻找的东西交给指挥官。七实离开地球后，尝试继续通过推演寻找人类的升级，并因此被淹没在了时空乱流中不知所踪，塞万提斯也与她失去了联系。于是众人前往了钥匙锁住的仓库，在那里发现了大量补给与一个全通感模拟装置。
        想要启动全通感模拟装置必须拥有极大的算力，但格式塔已经跟随空中花园离开了地球，因此众人决定前往九龙：启航计划中有部分九龙人员随同空中花园一起离开了地球，但大部分人、曲和华胥依旧留在了地面。
        指挥官、凡妮莎、艾玛先行前往九龙，与曲协商借用华胥算力。此时距离万世铭全部封闭已经过去了4775天，曲几乎精疲力尽。由于华胥的推演结果中，指挥官并没有离开格式塔，因此在双方刚刚见面时，她和塞万提斯一样对指挥官身份的真实性抱有极大的怀疑。在一番交涉过后，曲选择相信指挥官，在保护万世铭的前提下调用华胥的所有算力，启动了全通感模拟装置。
        指挥官进入装置中，以第三人称看到了从祂进入异聚塔后一直到机械教会离开地球、七实开始一遍遍推演的全过程，并在此期间最终突破了限制，自身意识接触到了七实，让七实能够以自己为锚点重新开始推演，回到一个个时间点、寻找返回的路。
        指挥官跟随七实进入了一个个“推演出的可能的世界”，其中包括曙星致意中推演出来的永冬世界线。在此过程中可以了解到，实际上无论是曙星致意里格式塔的推演、还是现在七实的推演，实际上都是异聚塔中被迭代的“下层”，七实现在在做的事寻找目前最高的那层、也就是指挥官最终离开了异聚塔的世界线。
        经过漫长的寻找，七实最终找到了最高层的世界线，并和指挥官一起来到了“门”后、见到了AI七实。在交流与战斗后，七实和指挥官最终说服了AI七实、让她向某个时间点发送去了关键信息。作为代价，七实留在了AI七实身边。
        指挥官从全通感模拟装置中苏醒、回到了2224年。AI七实送来的是新的异聚碎片，洛莎通过使用阿西莫夫留下的技术对其进行解析，得到了一系列拆解异聚塔核心的思路和方法，可以利用此做出真正的纯净区。
        2224年11月4日，即指挥官进入异聚塔后的第10989天、离开异聚塔后的第39天，留在地表的人类全体搬入齐奥尔科夫斯基航天城。

2226年

锈夜逐光

相关剧情：33 锈夜逐光

        卡俄斯在接受0号代行者的位权后，逐渐被祂所控制，并遵循本能想要利用异化红潮吞食强大的力量。指挥官一行人决定放弃大墓碑聚集地，前往航天城。
        在指挥官离开异聚塔的第770天（10月5日），新的0号代行者降生，露娜为了为人类争取转移的时间，与0号代行者交手并死亡。
        在指挥官离开异聚塔的第771天（10月6日），人类放弃大墓碑聚集地、迁移至航天城。
        洛莎对新的防护罩研究初有成果，因此指挥官面临着是否继续探索异化红潮的选择。如果选择专注于研究异聚核心、放弃探索异化红潮，最终人类会因为愈发强大的0号代行者而走向灭亡；如果继续探索异化红潮，则会发现异化红潮中含有人类目前科技无法解析的物质，它们可能是0号代行者借由异聚塔吸收来的其他文明的碎片。指挥官频频出现幻觉，与当初的海底克隆体共感。
        因为缺少过滤塔核心来制作新的过滤装置，指挥官与凡妮莎组队、艾玛与斜奏组队外出寻找，在这一过程中指挥官与凡妮莎遭遇了异化红潮和0号代行者的追击，尽管指挥官想要带回机体严重受损的凡妮莎，但最终凡妮莎选择留下断后，在面对0号代行者时引爆了自己的机体为指挥官等人的撤退争取时间。
        洛莎利用找回的核心制作出了新的过滤器，与此同时0号代行者出现在了航天城的最外围，用异化红潮包围了航天城，并称只要指挥官融入红潮祂就会放过人类。物资消耗使人们气氛低迷，越来越多的人选择跳入红潮。
        被包围四十多天后，指挥官意识到自己一直被高维存在注视着，于是决定戴上请洛莎制作的意识稳定装置进入红潮，赌伊什梅尔是否会救自己、自己能不能找到卡俄斯的意识并帮助她控制0号代行者。伊什梅尔果然救出了红潮中的指挥官，并为其提供了另一个机会：重新进入异聚塔，和过去的里一样通过试炼、跨越门扉、获得新的力量，从而找到新的可能。
        如果指挥官拒绝伊什梅尔、选择融入红潮（出塔的地840天，2227年1月14日），异化红潮不会进攻，但也没有消退，人类被困在航天城中无法逃出；如果指挥官同意伊什梅尔的建议，则进入异聚塔接受试炼，在意识投影中的灰鸦的帮助下击败高维生物投影，获得意志的认可，得以叩开门扉获得新的力量。
        然而，由于异聚塔核心被损毁，指挥官无法借由异聚塔返回过去。伊什梅尔提出新的可能：指挥官重返海底，用自己的意识替换海底克隆体的意识，帮助克希拉孵化出完整的卡俄斯，这样作为指挥官视线的卡俄斯不会听命于冯·内古特、能够击败“柯蕾多尔”，在有核心的情况下将时间拉回异聚塔未降临的时候。不过指挥官也可以选择和伊什梅尔一样成为守门人，利用帕弥什的特性将人类文明的信息封存，直到某日规则被改变、人类文明可以在规则下存活。
        如果指挥官选择重返海底，则其将以2192年5月10日的锚点作为跳板，与海底克隆体融合，重新经历一遍死亡游行后在临死前被伊什梅尔唤醒，在伊什梅尔的帮助下被克希拉完整孵化。在这一层世界中，露西亚没有进入异聚塔，“柯蕾多尔”在利用红潮吞食卡俄斯的过程中逐渐同步了B世界的情报。经过一番苦战，卡俄斯利用冯·内古特（尼莫）的钥匙封存并得到了异聚塔核心，并获得阅读伊什梅尔的故事的权限：伊什梅尔来自四翼白鸦的文明，原本跟随拉海莱导师研究时间和热寂、推算宇宙回归模型。在距离回归模型计算出的热寂还有10个标准年时，因为拉海莱乘坐时间主机从未来发出热寂将要到来的警告，研究院开始寻找能够保存文明信息的物质，并于标准时7871/23/03（推测第一位是标准年×2，第二位是二十四小时制的小时，第三位是分钟）由引力磁场捕捉到了code virtual particle，即0号物质，此时距离热寂还有5个标准年，研究院开始着手通过0号物质复制生命，并在距离热寂还有3个标准年的标准时间7875/*/*成功复制了人类，进入0号物质的人类变成了雾一样的形体，自述以心灵存在、能够延展到宇宙各处，是新的、更高存在的生命。尽管伊什梅尔的朋友伊萨于7879/*/*进入了0号物质，伊什梅尔依旧因为0号物质的绝对无序而心生担忧。标准时间7880/*/*，虽然热寂没有到来，但0号物质创造了新生命“惩戒者”，进入其中的人不再出现、像是沉睡于核心，该项目因此被紧急叫停。因为无法对抗类似于帕弥什病毒的0号物质，部分人决定通过时间主机回到过去、阻止0号物质的研究与捕获，但均失败。在这一过程中，伊什梅尔意识到一直没有归来的导师是被放逐到了无限的时间空间中。最终，惩戒者在感染时间总机后杀死了先遣队的穿越成员，伊什梅尔在夺取了祂的权柄后因0号物质的特性被意志选中成为守门人，利用0号物质将四翼白鸦文明储存并安置在亚空间中。
        由于“柯蕾多尔”和冯·内古特的死亡带来了巨量的信息，异聚塔摇摇欲坠，一旦重启时间就将崩塌、人类文明也将不复存在。于是卡俄斯决定修剪多余的信息，用自己的身体吸收那些错误的时间。伊什梅尔认为这不可能成功，因为没有生物能够承受这么多的信息，于是按指挥官之前嘱托的话，将航天城里针对异聚核心的研究结果送给了门后的七实，并发现七实也在努力收束因果、帮助卡俄斯裁剪时间。
        如果一直不断地吸收时间信息，卡俄斯最终会因承受不住而导致帕弥什外溢，并选择引爆自己，宇宙回归绝对零度等待下一次循环，而七实也会因为失去指挥官的锚点而无法返回，机械文明最终也难逃覆灭；如果在吸收了绝大部分的错误时间后等待一会，则伊什梅尔会前来帮助，并最终使时间逆转。
        在时间倒回的过程中，指挥官看到了一段不知是否真实的回忆：在毕业典礼开始前，自己亲手在档案里写下那串数字。
        最终，时间回到了里正在适配新机体的时间点：0号代行者彻底消失，尼莫进入A世界的痕迹被清除（因此异聚塔不会提前降临）；指挥官逐渐忘记了上一层的大部分经历，露西亚能梦到一些并尽力记录了下来。

一周目剧情由此结束，二周目由此开始。

世界观/反击时代